中藥提取區

研究員依據中藥的化學特性，以有機溶劑萃取法提取及純化各種生物活性化合物，再以旋轉蒸發器濃縮或以冷凍乾燥器凍乾至粉末狀，作為研究之用。

教學區

全日制學生及研究生利用教學區進行教學實驗。教學區內設有多部4管道輸入多功能生理測定儀，可實時量度並記錄人體或動物模型的心電圖、血壓及肌肉收縮等數據。

中藥化學分析區

中藥化學分析區主要功能為中藥鑑證及質量控制，光譜技術 (紫外光/可見光分光光度計、傅立葉轉換紅外線光譜儀、原子吸收光譜儀、質譜儀)和色譜技術(薄層色譜掃描儀、快速液相色譜儀、高效液相色譜儀、氣相色譜儀)兩種技術相輔相成，檢測中藥內的生物活性物質及其它有效成份。

生理區

在生理區，研究員會利用離體器官灌流或組織培植技術進行體外藥理及生理研究，其實驗結果會與動物模型或細胞培養實驗的結果作出比對及分析。

細胞及組織培養區

超過15種生物細胞存放在細胞及組織培養區，以特定的環境及設備進行培植，用作結合中醫理論與生物醫學的研究實驗。

組織學區

在組織學區，研究員利用蘇木紫及伊紅染劑、免疫組織化學、螢光原位雜交法等技術，觀察在中藥治療下患病動物器官組織的恢復程度。

基因分析區

基因分析區透過逆轉錄聚合酶鏈式反應、實時聚合酶鏈式反應、脫氧核糖核酸微陣列測試分析基因在中藥的功效影響下基因表達的上下調節。適用於一般的定量基因分析或高流通量的大型實驗。

螢光顯微鏡及形態學分析區

螢光顯微鏡及形態學分析區設有大型精密螢光顯微鏡，配以全自動波長選擇、電腦化焦距控制裝置、多功能影像擷取系統，用以觀察在中藥影響下細胞的增殖性、分裂過程、凋亡信號傳導途徑等。

蛋白分析區

進入蛋白質組學的年代，本院與時並進，設有先進的AKTAexploer快速蛋白液相色譜儀。此系統可在原材料上反覆提取及純化含有基因重組的蛋白質以作研究。此系統由數組電腦化進樣裝置及自動色譜柱洗脫裝置驅動，透過離子交換層析法、體積排除層析法、疏水交互作用層析法，以多維的方式來分離及純化草本植物或重組蛋白內的所含蛋 白質。

動物手術區

動物手術區透過各種動物模型實驗，研究中藥對體內生理機制的影響，以及中藥對疾病的實際療效。本區的動物模型包括中風、更年期綜合症、抑鬱性肥胖、肝癌等人體常見的疾病。